Het Fries Museum, Princessehof, Tresoar, Fries Scheepvaart Museum, Natuurmuseum Fryslân en het Frysk Lânbou Museum zijn de gebruikers van het Kolleksjesintrum Fryslân. Gezamenlijk hebben ze de stichting Kolleksjesintrum Fryslân opgericht. Deze stichting heeft met financiële steun van de provincie Fryslân het gebouw laten ontwerpen en bouwen en treedt op als beheersstichting van het gebouw. Het bestuur van de stichting wordt inhoudelijk bijgestaan door een Raad van Advies die gevormd wordt door de directies van de vijf instellingen.

De gebruikers hebben vooraf afgesproken dat zij de vijf collecties als één geheel zullen beheren. Dit heeft als voordeel dat de collectieonderdelen op soort opgeborgen kunnen worden wat een forse ruimtewinst oplevert. Daarnaast is er één registratiesysteem waardoor de wederzijdse kennis van de inhoud van de verschillende collecties groter wordt. Dit maakt een grotere collectiemobiliteit mogelijk, immers er is nu meer zicht op wat er in de collectie van de collega zit. Het collectiebeheer wordt ook gezamenlijk gedaan wat een besparing aan menskracht oplevert.

Voor het samenvoegen van de collecties tot één collectie Fryslân en de verdere uitwerking van het samenwerkingsmodel tussen de vijf instellingen is een project opgezet dat met steun van het Mondriaan Fonds en de Wassenbergh-Clarijs-Fontein Stichting uitgevoerd kon worden.